Екатерина послала начальнику Радищева, Воронцову, предписание допросить его обо всех обстоятельствах написания и выпуска книги. Не успело это приказание дойти до адресата, как вослед ему отправилось еще одно, где говорилось, что спрашивать Радищева уже не надо, ибо «дело пошло уже нормальным следствием». «Он бунтовщик, хуже Пугачева» — эти знаменитые слова императрицы оказались приговором автору.

Вести следствие императрица поручила Шешковскому, одному из самых страшных мастеров сыскных дел. Через его руки пятнадцатью годами раньше прошел Пугачев. Поговаривали, что Шешковский не применил к писателю пыток лишь потому, что его щедро одарила свояченица Радищева — его будущая вторая жена, Е. В. Рубановская. Через две недели после начала следствия императрица передала дело о Радищеве суду.

Радищев был отправлен в ссылку полубольным, без теплой одежды. Облегчил его участь опять же бывший начальник, Воронцов, который добился посылки вслед за Радищевым курьера с приказом освободить его из кандалов и снабдить всем необходимым. Ко всем губернаторам, через губернии которых должен был проезжать ссыльный, Воронцов обратился с просьбой оказывать тому всяческое содействие, прибавляя, что «поставляет оказанные ему услуги в личное себе одолжение». Предваряя подвиг жен декабристов, Е. В Рубановская последовала за Радищевым в Сибирь. Она догнала его в Тобольске, привезла с собой его младших детей. На обратном пути из ссылки она умерла.